Durante el siglo XVI se sucedieron una serie de procesos inquisitoriales contra conquistadores, gobernadores y otros funcionarios. El trabajo pretende el análisid casos como el levantado contra Luis de Carvajal y de la Cueva, gobernador y fundador del Nuevo Reino de Leon, por judaizante o el de Francisco de Urdiñola, quien llegaría a ser gobernador de Nueva Vizcaya, para estudiar la consolidación de las instituciones y los conflictos de jurisdicción presentes en la actividad del Tribunal de Santo Oficio.