La Sierra de Manantlán es una región muy poco estudiada en el campo de la arqueología. Desde 2017 se ha iniciado un proyecto de investigación arqueológica interinstitucional (UDG-CONANP) correspondiente al área espacial de la Reserva, con el objetivo de generar conocimientos sobre los vestigios arqueológicos existentes en el polígono y zona de influencia. La primera fase del proyecto se enfoca en crear un SIG de los datos arqueológicos existentes y llevar un registro de las manifestaciones grafico-rupestres.